壹、創業維艱
丕業奠基
星羅棋布的澎湖群島像極了一盤打散了的翡翠，在海洋尖端的這顆閃亮的菊島明珠－－澎水，巍峨屹立在藍天、碧海、長堤的西瀛勝境觀音亭畔，自民國11年創校迄今，近一世紀的滄海桑田，在歷史的長河中孕育了無數的傑出英才和海洋經濟文明。
日治後期，地方人士配合日本政府學制改革，為培植地方水產人才，革新漁業技術，發展澎湖海洋經濟，而於大正11年(公元1922年、民國11年)5月24日奉准創校(光復後史料)，定名「馬公水產補習學校」，為高雄州澎湖郡馬公街「街立學校」，暫借馬公第一公學校(現馬公國民小學前身)教室上課。首任校長由該校校長松垣虘先生依高雄州報第217號公告派令，自同年月23日起兼任，並執行相關校務，於同年6月10日舉行開學典禮，招收新生33名編為一班，並於次日開始授課，修業期間二年。因陋就簡，創業維艱，是為我台灣水產教育之嚆矢。
大正11年底籌建校舍，於馬公街第279號地
(舊魚市場東側)建築校舍一棟，於大正12年(公元1923年、民國12年)6月1日落成，並洽借附近民房一間，充作辦公室及實驗實習之用。
大正14年(公元1925年、民國14年)7月，由接任馬公第一公學校校長之平田謹吉先生兼任本校第二任校長。
大正15年初(公元1926年、民國15年；同年12月25日起改元昭和元年)，隨高雄州澎湖郡改制澎湖廳，改校名為澎湖廳馬公街立水產補習學校，同年7月由接任馬公第一公學校校長之東恩納盛亮先生兼任本校第三任校長。
昭和2年(公元1927年、民國16年)7月，由接任馬公第一公學校校長之高橋房太先生接任本校第四任校長。
昭和3年(公元1928年、民國17年)8月，由接任馬公第一公學校校長之久本平三郎先生兼任本校第五任校長。
為強化學校資源、加強水產人才培育，於昭和5年(公元1930年、民國19年)4月10日起，由「馬公街立」學校，升格「澎湖廳地方費立澎湖水產補習學校」，同時由自本校草創之初即到校任教(初任助教諭，即助理教師；時任教諭，即教師)之中島榮之助先生接任本校第六任校長，亦為本校首任由校內教師專職兼任之校長(日治時期之「學校長」均為教師兼任之行政職)。
昭和6年(公元1931年、民國20年)9月，再由富澤慎先生接任本校第七任校長，隨後於昭和10年(公元1935年、民國24年)提出學校重建構想，並獲澎湖廳官員支持。
昭和12年(公元1937年、民國26年)4月，由濱崎兼利先生接任本校第八任校長。同年10月1日，經澎湖廳公報公告改制為「澎湖廳立澎湖水產專修學校」。
昭和13年(公元1938年、民國27年)3月31日，學校新校舍(馬公街第917號地)落成，本校始具規模。
昭和14年(公元1939年、民國28年)5月1日，公告修訂「專修學校學則」，本校學制改為三年。
貳、薪火相傳
任重道遠
民國34年(公元1945年)臺灣光復，11月23日由臺灣省澎湖廳接管委員會派勸業課長葉振民先生接管，並暫兼代光復後首任校長。
民國35年4月1日，奉令改名「臺灣省立澎湖初級水產職業學校」。同年6月16日派吳南先生接任第二任校長。
民國37年7月10日奉准增設高級部，招收漁撈科一班，並改校名為「臺灣省立澎湖水產職業學校」。至38年7月13日，再奉令將草創之高級部歸併入省立高雄水產職業學校，並恢復校名為「臺灣省立澎湖初級水產職業學校」。
民國41年8月10日范承修先生接掌本校第三任校長，銳意整頓，校務蒸蒸日上，於43年6月20日奉准恢復設置高級部，先行招收漁撈科一班，並於同年8月復改校名為「臺灣省立澎湖水產職業學校」，升格為完全職業學校。
民國46年奉准增設高級部「製造科」(現水產食品科)，並於同年8月招收一班。48年接受美援，新建理化室一棟。49年6月新建實習船「自立」「自強」號下水，同年9月，新建水族圖書館完成啟用。50年接受美援，新建作業中心一座。民國51年奉准增設高級部「輪機科」，合計三科，並接受美援，新建實習工廠一座，校舍建築及設備年有增加，學校規模益為宏大。
民國54年奉准增設「經營科」(現航運管理科)，合計四科。是年7月23日，李星輝先生履任第四任校長，忠信勤勇，革新校務，著重充實設備及加強推動建教合作。
民國57年起，配合「九年國民義務教育」實施，停招初級部，至59學年度起奉令停辦初級部(56學年入學之末屆初級部學生，於58學年度畢業離校)，校名乃改為「臺灣省立澎湖高級水產職業學校」，並奉省政府核撥專款，與國防部核准撥用隔鄰之軍方營地，於民國61年興建行政大樓(62年初完工啟用)，巍峨雄偉，本校環境為之一新。至63年8月4日，李校長不幸病逝，校務由教務主任朱耀榮暫代。
民國63年10月1日李敏侯先生接任本校第五任校長，運籌帷幄，雄才大展，積極爭取經費，更新各項設備。65年新建學生活動中心(後為員生社使用)，持續為日後之發展奠立更堅實之基礎。
民國66年2月16日杜泗輝先生接掌第六任校長，殫精竭慮，擘劃經營，大力革新教育風氣，充實教學實習設備，新標準游泳池完成啟用。於68年奉准增設「航海科」、「機工科」、「化工科」，並停招「水產經營科」。69年8月起，奉令改制，並正名為「臺灣省立澎湖高級海事水產職業學校」，恢復招收「水產經營科」及停招「機工科」及「化工科」(原於68學年招收之班別，學籍併入台南高工)，海事水產教育之發展，由此邁向新里程。
民國71年8月18日姜亞夫先生接任本校第七任校長，以校為家竭力從公，篤實務本穩健進步，73學年度起增設「水產養殖科」、74學年度增設「漁村家政科」，新建水產製造科實習工廠、輪機科實習工廠、敬業樓、海洋圖書館陸續啟用，光大職業教育之成果。
民國81年8月1日，張朝造先生接任本校第八任校長，全力投入，積勞成疾，不幸於同年12月4日病逝，壯志未酬，校務由教務主任陳泗育代理。
民國82年2月1日，俞朝慶先生接任本校第九任校長，勵精圖治，篤實履踐，落實五育並重，推動校務革新。84學年增設「電子通信科」，並完成新建莊敬樓及女學生宿舍、整修男學生宿舍、學生活動中心及游泳池、改善集合場(瀝青場地改鋪EPOXY)等多項重大工程，同時積極拓展校地(爭取縣有土地22筆、國有土地2筆撥歸本校使用)，為運動場及體育館之興建立下根基，校風及校區均隨之煥然一新。
民國85年8月1日，林亨華先生接任本校第十任校長，雄才偉略，開創新局，新建田徑運動場及多功能體育館，美輪美奐，設備新穎，新設各科技能檢定場亦陸續啟用，學校設備日新月異益臻完善。
85學年起招收特殊教育班(水產製造科丙班)。88年7月1日起，因台灣省政府功能業務與組織調整，省立學校併入教育部，並自89年2月1日更改校名為「國立澎湖高級海事水產職業學校」。89學年起改以「綜合職能科」招收特殊教育學生，90學年增設「餐飲管理科」(原家政科停招)、「資訊科」，91學年增設「汽車科」，擴大本校技職教育版圖，跨越世紀再造新局。期間，更在90學年度全國高級中等學校海事水產類科學生技藝競賽，一舉囊括了漁業、水產製造、輪機、水產經營、航海、水產養殖、漁村家政、電子通信八個職種團體冠軍，締造光輝史頁，為本校80週年校慶增添無限光彩。92年2月1日，林校長榮調國立馬公高中，由教務主任蕭文己先生代理校務。
民國92年8月1日，謝乾坤先生接任本校第十一任校長，穩健踏實、溫文爾雅、尊重同仁、愛護學生。積極爭取經費，致力優化校園環境，除完成莊敬樓無障礙電梯設置及新建綜合教學實習大樓(榮獲工程金質獎)外，並陸續爭取經費啟動養殖科實習工廠整建、汽車科實習大樓新建、特教教學大樓新建及商務實習教室新建工程，持續提昇本校軟硬體設備。
民國99年8月1日，許德便先生接任本校第十二任校長，勇於承擔、樽節支出、平易近人、廣結善緣。克服困難，持續完成前任交付工程，並爭取經費補強食品科工廠、輪機科工廠結構。帶領全體同仁群策群力，秉持知識與學能並重，升學與就業兼顧的發展願景，致力於「營造人性、溫馨、創意、活潑的學習環境」、「提供多元、豐富、適性、統整的課程教學」、「結合社區產業、強化產學合一的技能發展」、「整合技職院校發展務實致用的職業教育」等目標，厚植學校穩定發展的實力。
民國104年8月1日，謝旻淵先生接篆本校第十三任校長，積極爭取資源，認真負責，帶領師生走向國際，開拓視野。致力優化校園環境，完成操場跑道翻修、體育館整修、老舊廁所整修、敬業樓電梯設置及各科實習場域環境改善等工程；活化學校資產，完成安裝太陽能電板及出租特教實習商店，挹注校務基金；推動國際教育，開辦國際教育旅行，帶領新住民子女學生至越南職場見習與交流及至印尼溯根，承辦國教署越南蜆港以南高中校長及教育廳官員訪台活動；開發創造潛能，申設教育部補助之澎湖創客基地及邀請勞動部設立澎湖創客基地；建全校友組織，協助成立澎湖縣澎湖高級海事水產職業學校校友會。108學年起綜合職能科甲班(輕度)改招餐飲服務科，110學年起綜合職能科乙班(中重度)改招居家生活科。
民國111年8月1日，現任顏嘉禾校長接篆本校期許承繼「百年澎水」的優良傳統，引領著同學們從務實致用的海洋技藝出發，懷著「誠樸精勤」的人文素養，憑藉著多元創新的思維及宏觀的國際視野，在堅毅精神、專業技能、敦厚品行的學校願景中，得以持續開創新局，迎向卓越。